木瓜根系由于缺氧呼吸时，根系内部的生化反应产生甲醇，由于酒精中毒发生烂根，这种现象多属苗床积水或土壤板结造成土壤中空气不足缺氧，因此在整理苗床时要开好畦与畦之间的排水沟，防止苗床雨后受淹。

木瓜幼苗根系幼嫩，施肥时以稀浓度为好，浓度太容易造成幼根吸收不了，反而使幼根细胞内的自由水向外渗透失水死亡而引起烂根，也就是农民常讲的“作物被肥料烧死”。因此应做好施肥错施，合理施肥。

木瓜幼苗根系被线虫为害后，幼根内部组织受破坏，阻碍了吸收和向植株输运养份，根部出现大小不同的肿瘤状导致烂根，病害也会导致根腐病，发现时及时用护树大将军+根施通灌根能诱导病毒集结，供护树大将军靶向消毒，抑制植株根部病毒传导式感染及叶片，保证植株输导系统健康工作。