红蜘蛛和锈蜘蛛是马水桔的主要害螨，一年四季均可发生为害。害螨世代多，为害期长。

幼龄树主要防治蚜虫、红蜘蛛和溃疡病等。成年树主要防治红蜘蛛、蚜虫、花蕾蛆、溃疡病等。病害发生前用根施通+新高脂膜灌根或喷洒，供应大量营养和水分，诱杀病虫害。防红蜘蛛用番茄液或药剂+新高脂膜800倍液使用，促进药效，减轻残害和用量；防蚜虫用波尔多液+护树大将军；防花蕾蛆用针对性药剂+新高脂膜；防溃疡病在春梢15-20cm喷洒0.5:1:100波尔多液或护树大将军500倍液。