苦瓜是喜氮型蔬菜：即每生产出1000公斤苦瓜，平均需从土壤中吸收5.277公斤氮、1.761公斤磷、6.666公斤钾。苦瓜生长期长，连续开花结瓜能力强，产量高，需肥量大，前期需氮较多，中后期以磷、钾为主。苦瓜喜肥喜湿，在水肥充足条件下产量高，品质好，在施足基肥基础上，还必须追肥。苦瓜虽然耐肥，但苗期耐肥性弱，肥料稍浓就会灼伤幼苗，所以追肥要注意前轻后重。

定植后结合浇缓苗水每亩施尿素5公斤、生物钾肥2公斤或磷酸二氢钾5公斤，以后依苗情适量追施提苗肥，弱小苗重点施肥。当收获第二条瓜后，在距根部15～20厘米外穴施坐果肥，每亩施氮、磷钾复合肥20～30公斤，后期注意根外追肥，以防早衰。

苦瓜生育期长，采收期达3个多月，因此要保证水肥供应充足，特别是进入盛果期，如遇干旱应每7天浇一次水。浇水之前应穴施尿素或复合肥每亩7～10公斤，如遇连阴雨，应注意排涝，同时叶面喷施磷酸二氢钾2~3次。

在保护地内的施肥原则应掌握以农家肥为主，化肥为辅；农家肥与磷、钾肥及少量尿素基施，其余氮素化肥随水施。追肥时间以采收始期至采收盛期较好，有条件可选用碳氮比较高、充分腐熟的农家肥。