设施大棚茄子在生长过程中，由于适宜的暖湿性条件，十分利于灰霉病、菌核病的发生与危害。许多菜农在对付两病时只想到了化学防治，而忽视了其他农业措施的先前介入应用，结果出现杀菌剂越用病害越加重。所以，应在病虫害尚未发生或者轻发生时尽早采取有效农业措施：

（1）选择无灰霉病、菌核病及烟粉虱发生的田块作为设施大棚搭建地块。

（2）大棚两侧开挖一定深度的排水沟渠，确保大棚区域灌溉及雨季排水通畅。

（3）选择无烟粉虱虫卵的健壮茄子秧苗移栽进大棚，控制棚内茄子移栽密度。

（4）两头棚门及两侧裙边加设防虫网。

（5）进入茄子生长中后期，尤其盛花易感病期，加强大棚通风，降低棚室湿度。

（6）加强棚内巡查，尽早发现漏网之虫（即烟粉虱，包括飞舞着的和停息在叶片上的成虫及茄子植株中下部叶片背面附着的卵、若虫和伪蛹），及时查见灰霉病与菌核病病株。对于烟粉虱成虫，利用其趋黄性悬挂黄色粘虫板诱杀，对于附着叶片背面的非成虫则尽量结合整枝摘病、老叶时也一并摘除；对于灰霉病与菌核病的病组织残体尽快清理。在此需要特别值得注意的是，上述摘除的病花、病叶、病枝条（菌核病）、病果、虫叶，不能随手丢弃在大棚设施内，必须随手统一放入塑料袋或者其它可以存放的器皿内，然后全部带出棚外集中焚烧或者喷施杀菌剂和杀虫剂后深度填埋。如果病残体及虫叶仍旧滞留棚内，就会造成病虫再次侵染与危害，达不到预期效果。