水肥管理在浇定植水的基础上，定植后第三天浇缓苗水。随后及时中耕松土，培土封沟，辣椒定植时在沟内，培土后把原来的沟变成垄，原来的垄变成了沟，但培土不可过高，以13厘米为宜。培土封沟后适当蹲苗，促使根系向纵深发展，达到根深叶茂。此时如水肥过多，容易引起植株徒长，坐果率降低。

进入盛果期，植株生长高大，发身和结果同时进行。为防止植株早衰，要及时采收下层果实并要加强浇水，亩用真根5-10千克稀释200-500倍与尿素等化肥交替使用，保持土壤湿润，以利植株继续生长和开花坐果。

结果后期气温凉爽，日照充足，适合辣椒的生长发育，是辣椒开花结果的高峰时期，所以要加强水肥管理，促进辣椒多结果，增加产量。追肥可与浇水交替进行，浇一次清水后，再结合浇水追肥一次，每亩用氮磷钾各15%的复合肥或磷酸二氢钾10千克或真根5-10千克，每隔7-8天浇水一次。9月下旬因天气转凉，也可追施稀粪水，往后浇水间隔时间应适当延长。

化学调控当辣椒初花期生长过旺徒长时，可用多效唑、矮壮素或缩节胺等植物生长调节剂进行化控，为提高秋延后大棚辣椒的坐果率，也可用生长素（2.4-D或防落素）处理，保花保果效果较好，2.4-D浓度为15-20ppm(百万分之15-20)，上午10时以前抹花效果比较好。

整枝大棚中生长的辣椒，生长旺盛，株型高大，枝条易折，为作业方便和便于通风透光，可用塑料绳吊枝或在畦垄外侧用竹竿水平固定植株，防止植株倒伏。对过于细弱的侧枝以及植株下部的老叶及无果侧枝可以疏剪，以节省养分，有利通风透光。