冬瓜贮藏的适宜温度在10℃左右，相对湿度在7075%之间，要求较好的通风。由于这些贮藏条件在自然条件下很容易实现，因此常采取窖藏或室内贮藏。冬瓜在通风库内或棚窖内可以码垛，也可以上架贮藏，码垛前地面一层干净的细沙或稻草、秸秆，再在上面摆放冬瓜。一般码成13个瓜厚的长条垛。

冬瓜摆放时一般要求和田间生长时的状态相同，即原来是卧底生长的要平放，原来是搭棚直立生长的要瓜蒂向上直立放。冬瓜可采取两个一叠品字形堆放，这样压力小、通风好、瓜垛稳固。直立生长的瓜柄向上只放一层。贮藏前期冬瓜含水量大，产生呼吸热多，要加强通风散热和排湿；后期要加强保温，防止受冻。贮藏后期温度降低容易受冻是多数冬瓜不能继续贮藏的主要原因之一。整个贮藏期间一般不要翻动，但要勤检查，发现病瓜立即剔除。