莲藕生长需肥量大，除施足基肥外，生长期间还应适时进行追肥。一般追肥2～3次。出现1～2片立叶时，以人粪尿或厩肥为主，尿素为辅进行追肥，促进立叶生长。第二次在荷叶封行前进行，主施复合肥。最后一次在结藕前进行，复合肥、硫酸钾混施。

追肥时，选择晴朗无风的天气，避免在高温下进行。施肥前放掉部分田水，保持浅水层，肥料渗入土中后再注水至原来水位。如果叶面上沾有化肥，应立即泼水冲洗以防灼伤。在追肥时，可加入根施通进行地下害虫的防治。